Wraz z rozwojem organizacji zmienia się nie tylko i wyłącznie liczba tworzonych dokumentów, ale również sposób, w jaki są one wykorzystywane. Materiały przygotowane na potrzeby jednego działu mogą po pewnym czasie stać się częścią innego procesu, przykładowo testom rozliczeń, obsługi reklamacji albo przygotowania umowy. O ile dokumenty są przechowywane bez wspólnych zasad, odtworzenie ich historii wymaga przeszukiwania wielu folderów, skrzynek pocztowych i archiwów papierowych.
Program do zarządzania dokumentami może porządkować takie zasoby poprzez przypisywanie im określonych dziedzinie, oznaczeń i powiązań z konkretnymi sprawami. Przy organizacji repozytorium ważne jest jednakże uwzględnienie sposobu, w jaki dokumenty są de facto wykorzystywane. Podział oparty tylko na strukturze działów nie za każdym razem odpowiada przebiegowi pracy, ponieważ jedna sprawa może angażować kilka zespołów. W takim przypadku przydatne staje się szukanie według różnorakich kryteriów, takich jak numer umowy, data, rodzaj dokumentu czy identyfikator projektu. Należy dodatkowo pamiętać, że jakość rezultatów uzależniony jest od poprawności wprowadzonych danych. Nawet rozbudowane funkcje wyszukiwania nie pomogą, jeżeli już dokument został przedstawiony błędnie lub nie przypisano go do właściwej sprawy.
Ważnym elementem pracy z dokumentacją jest uwarunkowanie, kiedy plik pozostaje materiałem roboczym, a kiedy staje się dokumentem przeznaczonym do dalszego użycia lub przechowywania. Różnica ta ma znaczenie w głównej mierze przy projektach, w których powstaje sporo wersji tego samego opracowania. Wstępny szkic może zawierać sugestie, które nie powinny wyszukać się w wersji przekazanej do realizacji, a dokument zatwierdzony może wymagać zachowania bez późniejszych zmian. Kontrolowanie dokumentami i archiwizacja obejmują zatem także określenie statusów, sposobu zatwierdzania treści a także zasad przechowywania wcześniejszych wersji. W praktyce warto rozstrzygnąć, czy poprawki są nanoszone wprost w pliku, czy także każda kolejna wersja jest zapisywana oddzielnie. Pierwsze rozwiązanie może utrudniać odtworzenie wcześniejszego brzmienia dokumentu, natomiast drugie prowadzi do powstawania wielu kopii, jeżeli nie ma jasnych reguł ich oznaczania. Znaczenie ma również uwarunkowanie, kto może zatwierdzić przekształcenie i w jaki sposób informacja o niej trafia do pozostałych osób. Przy dokumentach związanych z rozliczeniami, zobowiązaniami lub decyzjami formalnymi brak takiej testom może prowadzić do korzystania z nieaktualnych danych. Sam zapis historii przemian nie zastępuje jednakże procedury określającej, która wersja jest wiążąca.
Przy planowaniu elektronicznego archiwum trzeba uwzględnić również dokumenty, które nie powstały w postaci cyfrowej. Starsze umowy, formularze, protokoły i korespondencja mogą być dostępne wyłącznie na papierze, dlatego ich przeniesienie do systemu wymaga przygotowania oraz kontroli. Przed skanowaniem warto ustalić kolejność stron, sprawdzić kompletność załączników i oddzielić dokumenty, których nie powinno się łączyć w jeden plik. Pomyłka na tym etapie może utrudnić późniejsze odtworzenie zawartości teczki. Program do zarządzania dokumentami i cyfrowej archiwizacji może przechowywać zeskanowane materiały wraz z opisami i umożliwiać ich szukanie, natomiast skuteczność tego procesu zależy od jakości skanów oraz sposobu indeksowania. Rozpoznawanie tekstu umożliwia przeszukiwać treść wielu dokumentów, ale nie za każdym razem właściwie odczytuje niewyraźne fragmenty, pieczęcie czy odręczne dopiski. Dlatego w sytuacji dokumentów o istotnym znaczeniu potrzebna jest kontrola zgodności pliku z oryginałem. Trzeba także określić, czy papierowy egzemplarz będzie nadal przechowywany i kto odpowiada za jego lokalizację. Digitalizacja nie znaczy automatycznie, że oryginał można zaprzepaścić. Decyzja w tej sprawie powinna uwzględniać rodzaj dokumentu, bieżące przepisy oraz przyjęte zasady postępowania z dokumentacją.
Na sposób przechowywania plików wpływa także zmienność warunków organizacyjnych i technicznych. Zespół może zmienić strukturę, pracownik odpowiedzialny za określone sprawy może zakończyć współpracę, a wykorzystywane narzędzia mogą zostać zastąpione innymi. Archiwum powinno więc uwzględniać możliwość przekazania odpowiedzialności bez utraty informacji o wcześniejszych działaniach. Istotne jest określenie uprawnień do odczytu, edycji, pobierania i usuwania plików, oraz zasad ich udostępniania osobom spoza organizacji. W przypadku danych osobowych i dokumentacji poufnej zakres dostępu powinien odpowiadać konkretnym obowiązkom użytkowników. Osobnym zagadnieniem pozostają okresy przechowywania. Niektóre dokumenty muszą być zachowane przez czas konkretny przepisami, inne mogą wymagać dłuższego przechowywania ze względu na trwające sprawy lub niemały. Z tego powodu procedura archiwizacji powinna określać, kto sprawdza terminy i zatwierdza usunięcie materiałów. Znaczenie ma również sposób wykonywania kopii zapasowych a także sprawdzania, czy można odzyskać zapisane dane. Kopia, której nigdy nie testowano, nie daje pewności, że wszystkie pliki będzie można odtworzyć po awarii. Przy długotrwałym przechowywaniu powinno się dodatkowo kontrolować przystępność formatów i możliwość otwierania dokumentów na aktualnie używanych urządzeniach, ponieważ sama obecność pliku w archiwum nie przesądza o tym, że jego tekst pozostanie czytelna.
Więcej informacji: program do zarządzania dokumentami.